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[周报全文]“天梭”与“分子”共舞——浪潮高性能计算平台助力分子营养学研究

2004年05月31日 00:00:00 | 作者:佚名 | 来源:$page.getBroMedia() | 查看本文手机版

摘要:“天梭”与“分子”共舞——浪潮高性能计算平台助力分子营养学研究

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    “天梭”与“分子”共舞

    ——浪潮高性能计算平台助力分子营养学研究

    发现瓶颈

    浙江大学宁波理工学院在分子营养学研究方面进行了多方规划,但是在重点实验室建设过程中却遇到了难题。他们发现,编写用于分子营养学科学研究计算的程序,比如AMBER7、VASP、WIEN2K、GROMACS、NAMD等程序在学院原有的小型机设备上运行一段时间后,这台老设备远达不到他们的要求,长时间的计算才能等出结果的现状严重阻碍了项目组的进展速度,而且这还只是初期的运算,如果程序越写越复杂,以后的进展将不可想象。于是学院决定采用目前流行的集群计算机系统来完成计算任务,将软件程序用并行计算的方式完成,从而加快计算速度,节省计算时间,使项目能够顺利的进行下去。在分析了自己的应用与软件特点后,学院研究小组对这个高性能计算平台提出以下要求:(1)系统高性能,计算能力强大;(2)并行网络高带宽、低延迟;(3)技术开放,通用平台;(4)系统易用,易管理;(5)系统可扩展。

    解决方案

    根据方案设计、性价比、服务等多项指标对多个厂商系统进行综合考评之后,最终浙大宁波理工学院选定浪潮天梭TS10000高性能计算系统作为解决方案来满足其业务的需求。

    浪潮天梭TS10000采用高速互联技术和开放式的功能模块化系统设计,其中的几大核心模块的关键特征如下。

    计算能力

    整个集群系统采用国际上最新的技术,所有计算节点均采用的Intel Xeon处理器,所设计的集群系统并行度可达80%以上,能适应大规模的并行计算需求。

    高速交换网络

    浪潮天梭TS10000的高速交换网络采用4X标准设计的InfiniBand网络, 能够使节点间点到点通信带宽达到10Gbit/s,而延迟控制在6~7us左右。从性能上比千兆以太网高出8~10倍,给整个集群的性能一个飞跃性的提升。

    管理软件

    系统自带浪潮天梭集群管理软件(+微信关注网络世界),负责硬件资源与系统资源的监控以及整个系统内软硬件的监控、报警与管理等工作。集群管理软件采用图形化界面,可以实现人机互动。

    系统扩展能力

    浪潮天梭TS10000系统为用户预留了扩展空间。计算结点可以根据用户的需求进行不断的增加,集群系统可以平滑的增加计算结点的数量,以适应业务增长的要求。

    浪潮HPC服务

    用户在使用浪潮天梭TS10000的时候,还可以享受的浪潮公司的专业服务,内容包括系统硬件布署,安装系统操作系统,调试网络,协助用户安装并行计算软件,及进行并行应用软件的移植等服务。 ■

    一句点评

    在高性能计算领域,更多国产厂商的加入可以使用户以更低的价格享受到更好的计算服务。

[责任编辑:程永来 cheng_yonglai@cnw.com.cn]